Ο πρώτος ναός του Αποστόλου Τίτου στον Χάνδακα ήταν μονόχωρος δρομικός. Όταν, κατά την έναρξη της ενετικής κυριαρχίας στο νησί το 1210 εγκαταστάθηκε στον ναό o Λατίνος Αρχιεπίσκοπος, φαίνεται ότι στο κτίσμα έγιναν ορισμένες τροποποιήσεις.
Διανοίχθηκε κυκλικός φεγγίτης στην πρόσοψη και προστέθηκε πύργος κωδωνοστασίου στη ΝΑ του γωνία. Ο ναός αυτός καταστράφηκε πριν από τα μέσα του l5ου αιώνα και επανακατασκευάσθηκε. Το δεύτερο κτίσμα που εγκαινιάσθηκε από τον Λατίνο Αρχιεπίσκοπο της Κρήτης Fantino Dandolo στις 3 Ιανουαρίου του 1446, ήταν μία τρίκλιτη ξυλόστεγη βασιλική, στολισμένη με σπάνια μάρμαρα, άγιες Τράπεζες και παρεκκλήσια.
Το κτίσμα αυτό, που κατά τον σεισμό του 1508 υπέστη ελαφρές ζημιές χωρίς να χάσει την μεγαλοπρέπειά του, καταστράφηκε από πυρκαγιά στις 3 Απριλίου του 1544. Από την πυρκαγιά διασώθηκαν τα ιερά λείψανα και κειμήλια του ναού, μεταξύ των οποίων η Κάρα του Aγίου Τίτου και η εικόνα της Παναγίας της Μεσοπαντίτισσας.
Το 1557 ξανακτίσθηκε άλλος ναός, του ιδίου ρυθμού με τον προηγούμενο και εξ ίσου μεγαλοπρεπής. Ο περιηγητής Kootwyck το 1598 τον ονομάζει “pulcherrima et vetustis operis basilica”. Με την πτώση του Χάνδακα στους Τούρκους το 1669 τα κειμήλια του Ναού φυγαδεύθηκαν στην Βενετία. Ο ναός υπέστη εκτεταμένες μετατροπές για να λειτουργήσει ως μουσουλμανικό τέμενος, γνωστό ως Βεζύρ Τζαμί, στο όνομα του Πορθητή του Χάνδακα Ζαδέ Φαζίλ Αχμέτ Κιοπρουλή.
Ο σεισμός του 1856 μετέτρεψε και εκείνο το κτίσμα σε ερείπια. Το 1869 ο Μεγάλος Βεζύρης Ααλή Πασάς ανέθεσε στον αρχιτέκτονα Αθανάσιο Μούση από τα Ταταύλα της Κωνσταντινουπόλεως, Ηπειρώτη στην καταγωγή, την ανέγερση νέου μεγαλοπρεπούς τεμένους (Γενί τζαμί) διατηρώντας όμως και το παλαιό του όνομα. Το 1922 μετά την ανταλλαγή των πληθυσμών μεταξύ Ελλάδος και Τουρκίας το κτίσμα αποδόθηκε στην Ορθόδοξη Χριστιανική λατρεία και εγκαινιάσθηκε στις 3 Μαΐου του 1925 επί Μητροπολίτου Κρήτης Τίτου Ζωγραφίδου.
Ο ναός του Αγίου Τίτου είναι ένα εκλεκτικό μνημείο με ποικίλα στοιχεία από τους ρυθμούς των μνημείων της Κωνσταντινουπόλεως. Ο ρυθμός του είναι τετρακιόνιος με τρούλο και νάρθηκα ο οποίος προστίθεται στο τετράγωνο της κάτοψής του. Στην ΝΑ γωνία του νάρθηκα είναι προσαρτημένη η βάση του μιναρέ. Εσωτερικά θυμίζει περίκεντρο κτίσμα, ενώ εξωτερικά τα επί μέρους μορφολογικά του στοιχεία απηχούν ρυθμούς της Οθωμανικής τέχνης, της επηρεασμένης και από την βυζαντινή ναοδομία. Στις αριστοτεχνικά διαρθρωμένες με καθαρές γραμμές πλευρές του κτηρίου, κυριαρχούν τα κατακόρυφα στοιχεία, διασπώντας τον όγκο του σε επίπεδα. Εξωτερικά το κτίσμα είναι κατασκευασμένο με ισόδομη από λαξευτούς πωρολίθους τοιχοποιία και κοσμείται με λιθόγλυπτη επίστεψη.
Στις 15 Μαΐου 1966 έγινε η επανακομιδή της Κάρας του Αγίου Τίτου από τον Άγιο Μάρκο της Βενετίας, ενώ στον ναό της S.M. Della Salute της ίδιας πόλης φυλάσσεται ακόμη η εικόνα της Παναγίας της Μεσοπαντήτισσας. Από το 1974 μέχρι το 1988 πραγματοποιήθηκαν στο Ναό εκτεταμένες εργασίες για τη στερέωση και αποκατάστασή του. (Πηγή: Ενημερωτικό έντυπο Ι. Ναού Αγίου Τίτου Ηρακλείου.)
Πηγή: www.incrediblecrete.gr