Οι σημαντικότερες αρχαιότητες της Βιάννου βρίσκονται στην Κάτω Σύμη. Πρόκειται για το Νεοανακτορικό (Μεσομινωικής ΙΙΙ-β) ιερό του Ερμή και της Αφροδίτης στη θέση Κρύα Βρύση. Το Ιερό είναι χτισμένο σε υψόμετρο 1130 μ. και είναι ένα από τα σημαντικότερα της αρχαιότητας καθώς είναι ο μοναδικός γνωστός μέχρι σήμερα χώρος λατρείας στην Κρήτη και στην Ελλάδα που λειτούργησε επί πολλούς αιώνες χωρίς διακοπή. Ιδρύθηκε γύρω στο 2000 π.Χ. και από τα πλούσια ευρήματα που ανασκάφηκαν σε αυτό, εικάζεται ότι η λατρεία γινόταν υπαίθρια, με θυσίες για την πυρά, τελετουργικά δείπνα, υγρές προσφορές κ.α. Η ακτινοβολία και η φήμη του φαίνεται ότι ήταν μεγάλες, γεγονός που καταδεικνύεται τόσο από τα διαφορά δωμάτια που κτίστηκαν γύρω από αυτό για τη φιλοξενία ιερέων και πιστών όσο και από το ότι η θέση του ταυτίζεται με το Ιερόν Όρος, κατά τον Πτολεμαίο, το οποίο βρίσκεται μεταξύ του αρχαίου Τσούτσουρα και της Ιεράπυτνας (σημερινής Ιεράπετρας).
Το κύριο σημείο της λατρείας στην αρχαϊκή ελληνική περίοδο (7ος και 6ος αιώνας π.Χ.) ήταν ένας υπαίθριος βωμός, με στρώμα πύρας και οστών γύρω του, από τις θυσίες ζώων. Μέσα στη στάχτη βρέθηκαν χαρακτηριστικά σωληνοειδή σπονδικά σκεύη, λίθινες τράπεζες προσφορών, πήλινα κύπελλα ιεράς κοινωνίας λάτρεων λαμπρής τέχνης υστερομινωικών χρονών, πολλά χάλκινα ειδώλια και ομοιώματα ζώων, ελάσματα με θαυμάσιες χαράκτες παραστάσεις ανδρών, που οδηγούν ή σηκώνουν αγρίμια και άλλα ζώα, ή μέλη ζώων που προσφέρουν για θυσία, και τρία ξίφη (Υστερομινωικά II), εξαίρετης τέχνης.

Βρέθηκαν επίσης πήλινα ειδώλια γυμνής θεάς, παραστάσεις του Ερμή και άλλα. Υπάρχουν επίσης ενεπίγραφα κεραμίδια του ναού με ονόματα δωρητών. Πεζούλες στις γύρω πλαγίες του βουνού χρησίμευαν κατά τις ημέρες της πανήγυρης για την διαμονή των προσκυνητών.
Κοντά στο βωμό, λίγο νοτιότερα, βρέθηκε παλαιότερο ιερό των Μεσομινωικών χρόνων με διάφορα ευρήματα. Λατρευτικά σκεύη, είδος κερνών για πολλαπλές προσφορές σωληνοειδή σκευή για σπονδές.
Λίγο ανατολικότερα ανακαλύφτηκε σχεδόν ολόκληρος ο μικρός ναός των υστέρων ελληνιστικών χρονών, ειδώλια πήλινα, ως και αναθηματική επιγραφή ρωμαϊκών χρονών, που αναφέρει τον Ερμή και κάποιον Νικάνορα Θεομνάστου, ο οποίος, ως φαίνεται, είχε κάποτε επισκευάσει το ναό. Άλλα οικήματα στην περιοχή του ιερού χρησιμοποιούνταν ασφαλώς ως κατοικίες των ιερέων.

Σε έναν επίπεδο χώρο κοντά στο σημερινό οικισμό Ελληνικά, ανάμεσα στον Άγιο Νικόλαο και την Ελούντα, στη συνοριακή περιοχή των αρχαίων πόλεων-κρατών Λατούς και Ολούντος, βρισκόταν ένα ιδιαίτερα παλιό ιερό αφιερωμένο στην Αφροδίτη, το «αρχαίον Αφροδίσιον» των επιγραφών του τέλους του 2ου αι. π.Χ. Ο χώρος έλαβε νέα σημασία, όταν κλιμακώθηκαν οι διενέξεις των δύο πόλεων για συνοριακές διαφορές και στη θέση περίπου του ερειπωμένου μονόχωρου γεωμετρικού ιερού χτίστηκε, το 2ο αι. π.Χ. ο ναός δύο σύνναων θεοτήτων, του Άρη και της Αφροδίτης.

Ο ορθογώνιος γεωμετρικός ναός, διαστάσεων 4 x 9 μ. είχε προσανατολισμό προς τα δυτικά. Μπροστά από την πρόσοψή του υπήρχε τραπεζοειδής βωμός, που πιθανώς βρισκόταν στο κέντρο ενός προθαλάμου με πέντε κίονες. Το κτήριο δεν είχε χρησιμοποιηθεί σύμφωνα με τους ανασκαφείς μετά από τους γεωμετρικούς χρόνους και πιθανώς στο τέλος του 2ου αι. π.Χ. είχε ήδη ερειπωθεί.
Στα δυτικά του βωμού των γεωμετρικών χρόνων ιδρύθηκε από τη πόλη της Λατούς ο νεώτερος δίκλιτος ναός με προσανατολισμό προς τα ανατολικά και κοινό για τα δύο κλίτη προθάλαμο, που κατασκευάστηκε αργότερα πάνω στο γεωμετρικό βωμό. Για καθέναν από τους οίκους υπήρχε θύρα εισόδου από τον κοινό προθάλαμο. Σώζεται το λίθινο υπέρθυρο της ανατολικής πόρτας του νότιου κλίτους, αφιερωμένου στον Άρη, όπως συνάγεται από την εύρεση μιας επιγραφής που αναφέρεται σε οικοδομικές εργασίες στο ναό του Άρη, ενώ υπήρχε μια ακόμη πρόσβαση σε αυτό από το νότιο τοίχο του κτηρίου.
Από τις επιγραφές γίνεται φανερή η πορεία των έργων κατασκευής και μεταγενέστερων προσθηκών και επισκευών του νεότερου ναού καθώς και η εξέλιξη των συνοριακών διαφορών που επιλύθηκαν, αφού απαιτήθηκε η συνδρομή, μέσω διαιτησιών και οροθεσιών, Κνωσίων, Ρωμαίων και Μιλησίων. Οι διαιτησίες και οι σχετικές συνθήκες θα έπρεπε να τοποθετηθούν και στο «ιερό Δέρα» ή το ιερό του Άρη στην περιοχή Δέρα -και πράγματι πολλές από αυτές βρέθηκαν στην περιοχή του ιερού των Λενικών. Τελικά το ιερό και η περιοχή του αποδόθηκαν στη Λατώ.

Το υπαίθριο Ιερό της Αφροδίτης και του Έρωτα ταυτίστηκε το 1931 από τον ανασκαφέα του Αμερικανό αρχαιολόγο Oscar Broneer με βάση τις δύο λαξευμένες στο βράχο επιγραφές. Η μία αναφέρεται στην εορτή του Έρωτα την τετάρτη ημέρα του Μουνιχιώνος μηνός, περίπου στα τέλη της άνοιξης, ενώ η δεύτερη στη θεά Αφροδίτη. Η ανασκαφή του Ιερού έφερε στο φως ποικίλα ευρήματα: θραύσματα μαρμάρινων γλυπτών και αναθηματικών ανάγλυφων, τα οποία ήταν τοποθετημένα στις λαξευμένες κόγχες, πήλινα αγγεία και ειδώλια. Χαρακτηριστικές είναι οι ανάγλυφες πλάκες που απεικονίζουν γυναικεία και ανδρικά μέλη. Η λατρεία της Αφροδίτης από κοινού με τον Έρωτα, ως θεότητα της αναπαραγωγής και της γονιμότητας, πρέπει να διεξαγόταν στο άνδηρο (πλάτωμα) μπροστά από τις κόγχες, όπου οδηγεί επικλινής αναβάθρα από τον Περίπατο. Ορισμένοι μελετητές συνδέουν το ιερό με την εορτή των Αρρηφορίων, της οποίας περιγραφή μας δίνει ο αρχαίος περιηγητής Παυσανίας (2ος αιώνας μ.Χ.). Κατά την εορτή αυτή νεαρές Αθηναίες μετέφεραν από την Ακρόπολη τις άρρητες (μυστικές) προσφορές προς την θεά Αθηνά, περνώντας νύχτα από κρυφό υπόγειο πέρασμα για να φθάσουν στο Ιερό.

Ο μικρός ναός βρίσκεται στη θέση Κώτιλο, βορειοδυτικά του ναού του Επικούριου Απόλλωνα, σε μία μικρή κοιλάδα που σχηματίζεται στην ψηλότερη κορυφή του όρους Κωτίλιο και σε υψόμετρο περίπου 1.230 μ. Παρά τις διαφορετικές απόψεις των μελετητών, οι περισσότεροι τον ταυτίζουν με το ναό της Αφροδίτης που ο Παυσανίας (8.41.10) αναφέρει ότι υπήρχε στη θέση αυτή. Οικοδομήθηκε κατά την αρχαϊκή εποχή, μαζί με ένα δεύτερο, αφιερωμένο στην Αρτέμιδα Ορθασία, πιθανότατα από φτωχούς Φιγαλείς που είχαν εγκατασταθεί στις Βάσσες. Η Αφροδίτη λατρευόταν εδώ ως προστάτιδα της γονιμότητας των γυναικών, μαζί με την Αρτέμιδα Ορθασία, που προστάτευε τα μικρά παιδιά. Τα ευρήματα από το χώρο, όπως οστά ζώων από θυσίες, χάλκινα κάτοπτρα και πήλινες γυναικείες προτομές, που είχαν αφιερωθεί από πιστούς, φανερώνουν ότι και οι δύο ναοί ήταν σε χρήση σε όλη τη διάρκεια της αρχαϊκής και κλασικής εποχής, και εγκαταλείφθηκαν στο τέλος του 3ου αι. π.Χ.

Ο ναός της Αφροδίτης είναι ο βορειότερος από τους δύο. Είναι ο μικρότερος σε διαστάσεις, κτισμένος χωρίς θεμελίωση επάνω στο φυσικό βράχο και έχει το συνήθη προσανατολισμό Α-Δ, τον οποίο δεν ακολουθούν ο γειτονικός του ναός της Αρτέμιδος και ο μεγαλειώδης ναός του Επικούριου Απόλλωνα. Αποτελείται μόνο από πρόναο και σηκό και οι τοίχοι του είναι κτισμένοι με αμελώς λαξευμένους δόμους, που συνδέονται μεταξύ τους με πηλό, ενώ δεν σώζεται κανένα ίχνος κιόνων ή γλυπτού διακόσμου. Στο εσωτερικό του σηκού διατηρείται λίθινο βάθρο, όπου πιθανότατα στεκόταν το λατρευτικό άγαλμα της θεάς.

Ο ναός ερευνήθηκε κατά τα έτη 1902-1903, από τον Π. Καββαδία και τον τότε έφορο αρχαιοτήτων Κ. Κουρουνιώτη, ο οποίος ταύτισε το μνημείο με το ναό της Αφροδίτης του Κωτίλου, βασιζόμενος στην περιγραφή του Παυσανία.

Ο ναός της Αφροδίτης βρίσκεται σε κεντρικό σημείο του ιερού της Δωδώνης, κοντά στο ναό της Θέμιδας. Η ταύτισή του έγινε με βάση τα πήλινα ειδώλια, που βρέθηκαν μέσα και γύρω από αυτόν και παριστάνουν μία γυναικεία μορφή να κρατεί με το δεξί της χέρι μπροστά στο στήθος περιστέρι, σύμβολο της θεάς. Με βάση ορισμένες κατασκευαστικές λεπτομέρειες και τα ευρήματα που προήλθαν από το εσωτερικό του, ο ναός μπορεί να χρονολογηθεί στον 4ο ή στις αρχές του 3ου αι. π.Χ., η ύπαρξη, όμως, στη θέση αυτή μιας αρχαιότερης λατρείας δεν πρέπει να αποκλεισθεί. Η λατρεία της Αφροδίτης στη Δωδώνη επιβεβαιώνεται από επιγραφική μαρτυρία, αλλά είναι άγνωστος ο χρόνος κατά τον οποίο καθιερώθηκε. Πιθανώς είναι παλαιότερη των χρόνων του Πύρρου, αλλά είναι βέβαιο ότι στις αρχές του 3ου αι. π.Χ. συγχωνεύθηκε με τη λατρεία της Αινειάδας Αφροδίτης, που εισήγαγε ο Πύρρος από την Έγεστα της δυτικής Σικελίας. Η θεότητα αυτή συνδέεται με τον Τρώα ήρωα Αινεία και τους τρωικούς μύθους, που ήταν εξαιρετικά αγαπητοί στους Μολοσσούς, γιατί, σύμφωνα με τις αρχαιότερες παραδόσεις, οι Μολοσσοί κατάγονταν από την Τροία μέσω της Ανδρομάχης.

Ο ναός είναι μικρός, με διαστάσεις 8,50 x 4,70 μ., δωρικού ρυθμού, αλλά διαφέρει κάπως από τον καθιερωμένο τύπο της Δωδώνης. Είναι απλός, με πρόναο και σηκό, δίστυλος εν παραστάσι, έχει, δηλαδή, μεταξύ των παραστάδων του πρόναου δύο οκτάπλευρους δωρικούς κίονες, αντί για τέσσερις ιωνικούς κίονες που έχουν οι άλλοι ναοί. Δύο σπόνδυλοι αυτών των κιόνων είναι εντοιχισμένοι στο τετράγωνο κτίσμα ρωμαϊκών χρόνων, που βρίσκεται αμέσως ανατολικά. Στο μέσο του τοίχου, που χωρίζει το σηκό από τον πρόναο, διατηρείται σπασμένο το κατώφλι της εισόδου με μονόφυλλη θύρα, πλάτους 1 μ. Οι τοίχοι του ναού ήταν κατασκευασμένοι με μικρά λιθάρια, όπως και στο οικοδόμημα Μ, ενώ για τα επίκρανα των κιόνων είχε χρησιμοποιηθεί μαλακός αμμόλιθος. Στα ευρήματα που σχετίζονται με το κτίσμα, περιλαμβάνονται μολύβδινες επιγραφές και ειδώλια, που παριστάνουν γυναικεία μορφή, ένα πήλινο λεοντόκρανο, που χρονολογείται στον 4ο αι. π.Χ., καθώς και ένα μαρμάρινο κομμάτι γυναικείου κορμού αρχαϊστικής τέχνης, σε μέγεθος μικρότερο του φυσικού, που πιθανώς προέρχεται από το λατρευτικό άγαλμα της θεάς.